まだ見切り発車な気がしなくもないんですけど、ある程度の目処が出来たので語っていこうかと。
何回にも分けて、少しずつ語っていく予定です。
というか、一発で結論まで語っても、簡単に理解できるほどこの話題は理解しやすい事項ではないですから。
そして本題を語っていく前に、俺が何を中心に語っていくか、を先に述べておこうと思います。

まず、「ネギ達が見た6/30は一体どういう客観時間軸上にあったのか」ということを例に使い、
・クロノシリーズにおける時間概念の解釈
・ハルヒシリーズにおける時間概念の解釈（2通り）
・時間跳躍した時に辿り着く未来は、唯一無二の未来なのか？
・パラレルワールドは存在するか否か
の4点に関して語る予定です。増える可能性もあります。
その後、「超の行為の果てにあるのは何か」について、「超が未来人である」ということを前提に置きつつ、
・クロノ的時間概念の場合、超はどうなってしまうか
・ハルヒ的時間概念の場合、超はどうなってしまうか（2通り）
・改変後の世界は超にとってパラレルワールドか否か
の3点を考察します。
そして結論として、「ネギま！における時間概念はどういうものか」ということを語ろうと思います。
原作の展開と、どっちが早くなるのやら…。

なお、今回の記事を制作していく過程で、こちらに記載されているURLの記事を参考に使用する場合があります。
復習気分でも予習気分でも、一見しておくのを薦めます。